Pada awalnya, Waikomo adalah salah satu lingkungan dari Paroki Santa Maria Banneux Lewoleba. Dalam perkembangan waktu, pada 4 Oktober 1996, Uskup Larantuka Darius Nggawa, S.V.D., mengeluarkan surat keputusan mengenai pembentukan Waikomo sebagai paroki dengan berpelindung St. Arnoldus Janssen. Paroki ini dipercayakan kepada para imam dari tarekat Serikat Sabda Allah (SVD). Sebagai Pastor Paroki pertma diangkat P. Paskalis Berchmans, SVD (1996–1998) dan sebagai pastor rekan diangkat P. Laurentius Useng, SVD.